Todo CNPJ tem um CNAE principal e pode ter secundários. Posto de combustível, por exemplo, é 4731-8/00 (comércio varejista de combustíveis para veículos automotores).
Na gestão de frota, o CNAE serve como trava: é possível checar o CNPJ do destinatário de um pagamento e verificar se o ramo dele é o que a empresa autorizou. Como o CNAE é um registro oficial vinculado ao CNPJ, ele não muda conforme a maquininha usada.
É por isso que a validação por CNAE é mais forte que a validação por MCC: uma checa quem é a empresa, a outra checa qual máquina passou o cartão.